石西礁湖地区自然再生推進計画調査では、石西礁湖の現状を把握するためにサンゴ群集の分布を調査し、分布図を作成しました。同様の分布図は過去1980年、1991年にも作成されおり、石西礁湖サンゴ群集の変遷を知ることができます。

1980年 　右図の赤色の部分は1980年の被度50%以上の枝状ミドリイシの分布域です。石西礁湖では、1970年代まで人為的撹乱も小さく、サンゴ群集は原生的な極相状態にあったと考えられ、この分布図はその状況を示しています。しかし、1980年頃始まったオニヒトデ大発生による食害を受け、サンゴ群集は大規模に衰退しました。 ※「被度」とは、海底をサンゴが覆っている割合のことです。
1991年 　右図の赤色の部分は1991年のサンゴ高被度度分布域です。1980年に比べサンゴ高被度分布域は小浜島周辺では増大していますが、竹富島南方及び西方、黒島周辺、新城島周辺では大幅に減少しています。その後1990年代後半にはサンゴ群集は礁湖全体で回復に向かいました。
2003年 　右図の赤色の部分は2003年のサンゴ高被度度分布域です。1991年に比べ、サンゴ高被度分布域は小浜島北部で減少しているものの、小浜島南方、竹富島東方、新城島周辺では顕著に回復しています。竹富島東方には枝状サンゴを主とする大規模な群集が分布し、竹戸島西方にはスギノミドリイシ等の枝状サンゴが高被度で分布していました。小浜島南方のやや水深の深い地域には広大なスギノキミドリイシを優占種とする群集が広がり、小浜島から東方に向かって分布していました。また、新城島西方にはクシハダミドリイシなどテーブル状のサンゴが高被度で広く分布していました。オニヒトデの大発生以降、石西礁湖のサンゴは1998年に大規模な白化による衰退等もありましたが、現在回復傾向にあると考えられます。